托木斯克国立大学的科研活动于1885年开始，是在大学正式建立的前三年就拉开了序幕，这是因为生物学家克雷洛夫从喀山大学来到了托木斯克。在他抵达之后立刻就建立了植物园和标本馆并且开始组织相关的活动。在1888年托木斯克大学开幕之后只有一个医学系，但是该系是在两个生物学教研室的基础上建立的：植物学与动物学教研室和解剖比较教研室。此后，随着时间的流逝，在此基础上逐步形成了如今的生物学、生态学、土壤学、农业和林业学院。该学院的现任院长—沃罗别耶夫·丹尼尔·谢尔盖耶维奇，生物学博士后。

教研室：

• 鱼类学与水生生物学教研室：该教研室开设于1931年；
• 遗传学与细胞生物学教研室：该教研室于1931年开设，当初是被作为育种、遗传学和细胞学教研室的一部分，在1952年，该教研室被正式关闭，而在1964年9月1日，该教研室在托木斯克国立大学重新开设；
• 人体及动物生理学教研室：该教研室开设于1889年，当时作为托木斯克帝国大学医学系的一部分，从1938年开始正式更名成现在的教研室；
• 无脊椎动物学教研室：该教研室在1932年获得了独立的地位；
• 脊椎动物学与生态学教研室：该教研室的前身是动物学与解剖学办公室（建于1888年）；
• 植物学教研室：开设于1888年；
• 植物生理学、生物技术与生物信息学教研室：开设于1923年，原先的名字是解剖学与植物生理学教研室。之后更名为“植物生理学与生物化学和微生物学教研室，于1974年解散，又于1991年重建并且更名为植物生理学与生物技术教研室；
• 土壤科学与土壤生态学教研室：该教研室开设于1930年，当时名为《土壤学教研室》，在2000年正式完成更名；
• 林业与园林建设教研室：该教研室建于1993年，届时作为森林与林业教研室的一部分，在2007年完成更名；
• 农业生物学教研室：该教研室在2006年通过两个教研室的合并建成：农学与植物保护教研室；
• 生态、自然资源管理与环境工程教研室：该教研室在2006年通过两个教研室的合并完成：环境管理与农业生物技术教研室；
• 克雷洛夫标本馆：该标本馆是克雷洛夫在1885年建成，是西伯利亚地区植物科学方面的一个主要中心；
• 动物学博物馆：这是根据帝国大学建立的命令筹建的博物馆，现凭预约可以免费参观；
• 土壤博物馆；

培养方向：

• 生物学；
• 土壤学；
• 农学、生态学和自然资源管理；
• 林业；
• 风景园林；
• 管理学

学习四年之后，授予“学士”学位证书。

学习六年之后，授予“硕士”学位证书。