创新技术系是在俄罗斯国立创新技术与创业大学西西伯利亚分校的基础上创建的，该大学的前身是西西伯利亚托木斯克创新中心，该中心自1993年以来一直在托木斯克国立大学的基础上运作， 托国立校长梅耶尔（Г.В. Майера） 校长命令从 2009 年 8 月 27 日起作为创新技术系。