托木斯克著名高校︰托木斯克国立大学﹙1878年建成，是西伯利亚地区第一所高等综合型大学﹚

托木斯克理工大学﹙1886年建成，是西伯利亚地区第一所高等技术研究机构﹚

托木斯克国立师范大学

托木斯克国立医科大学

托木斯克国立建筑大学

托木斯克系统控制和无线电电子技术大学

托木斯克军医院

除此之外，在托木斯克还设有十多个其他城市教育机构分支，从事高等教育活动。托木斯克也是全俄学生比例最高的城市之一，近年外国学生比例也在不断增加，这里是全俄人才密集度最高的城市之一，在这里工作着882位博士后和2727位博士，因此，托木斯克是一所环境优美的大学城。