托木斯克国立大学对博士采取单独培养的计划，即设有专门的博士生处来负责博士生的课程安排与科研活动安排。每位外国博士生都需要与自己的导师共同完成个人培养计划，然后按照个人培养计划安排教学与科研工作。目前，托木斯克国立大学共设有以下博士生专业：

数学与力学、电脑与计算机科学、物理与天文学、化学、地球科学、生物科学、信息学与计算机科学、计算机安全、林业学、心理学、经济系、法学、政治学与区域学、教育学、语言学与文学、历史与考古学、哲学、伦理学与宗教学、体育文化与运动、文化学。

原则上，上述所有专业都设有英文教学的博士生项目，当申请人准备申请博士专业时，需要提前与招生负责人进行联系，选择好就读专业、确定好英文导师。

目前，托木斯克国立大学博士生专业中的语言学和国际关系得到了众多外国申请人的青睐。

语言学隶属于文学系，其全称是语言学与文学。在该系的基础上设有多个教研室：俄语教研室、俄罗斯文学与历史研究教研室、认知语言学教研室、法律语言学教研室、整体斯拉夫语言学与经典语言学教研室、日耳曼文学研究教研室、20世纪俄罗斯文学研究教研室、文学、出版与编辑教研室。每个教研室都有若干名来自不同国家的博士生，该方向以教学严谨、学术氛围浓厚著称，是深受外国申请人喜欢的申请方向。该方向的毕业生是高校、高等研究机构、大型跨国公司的首选。

国际关系专业隶属于历史系。历史系也拥有众多可供外国学生选择的方向：俄罗斯历史教研室、现代俄罗斯历史教研室、近代史与国际关系教研室、古代史、中世纪史与历史方法研究教研室、历史与档案学教研室。在国际关系方向下包含以下教研室：世界政治、欧洲语言学、东方学。众多中国申请人都选择了东方学专业。

每年，托木斯克国立大学的博士申请人都有获得俄罗斯政府奖学金的机会。申请人需要在5月中旬开始提交申请资料，八月中下旬可以查询申请结果。博士生开学日期为10月1日。

需要注意的是，人文类的博士生学制为3年，理工科博士生的学制为4年。

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