托木斯克国立大学地质地理系建于1933年，是由地质、地理与土壤学教研室合并而成。目前，地质地理系的主任是塔基亚宁·根纳季·米哈伊洛维奇，地址矿物学博士，副教授。

地质地理系共设有9个教研室：

1. 地质动态教研室；
2. 古生物学与地质历史学教研室；
3. 矿物学与地球化学教研室；
4. 岩石学教研室；
5. 地理教研室；
6. 水文教研室；
7. 气象学与气候学教研室；
8. 地方志与旅游教研室；
9. 自然资源教研室

除了教研室，在该系的基础上还设有多个地质地理学领域的专门实验室。目前，在该系工作着多名教育经验丰富的教授与副教授，地质地理系共培养出50多名国家级的地质地理学方面的专家。

该系的专业设置如下：

本科生

1. 地质学：《地质学》；《地址化学》；
2. 地理学：《地理学》
3. 水文气象学：《水文学》；《气象学》
4. 生态与自然：《自然资源利用》

研究生

1. 地质学：《历史与区域地质学》（该项目是与法国里尔第一科技大学合作的双学位项目，不针对外国学生）；
2. 《矿山地质学》：该专业已经通过了公共地质机构协会的专业评审。
3. 地理学：《旅游业发展的地理基础》；
4. 《地貌与自然地理》；
5. 《普通与职业教育中的地理学》
6. 水文气象学：《水文学》；
7. 《地理生态与水文-气候资源》；
8. 气象学
9. 生态与自然科学：《地质生态学与环境》

博士生专业设置：

1. 《整体与区域地质学》；
2. 《古生物学》；
3. 《岩相学与火山》；
4. 《矿物学、晶体》；
5. 《地质勘探与固体矿产勘探、矿物学》；
6. 《自然地理与生物地理学、土壤与地球化学景观》；
7. 《地貌与地理进化》；
8. 《水文、水资源、水化学》；
9. 《大气与水环境物理学》；
10. 《气象、气候、农业气象学》；
11. 《地质生态学》（工业领域）